海南醫學院的前身是海南醫學專科學校，由創辦于1947年的私立海強醫事技術學校和創辦于1948年的私立海南大學醫學院合并而成。1973年設立直屬附屬醫院。1977年起開辦臨床醫療專業本科。1983年并入海南大學，改稱海南大學醫學部。1993年經國家教委批準成立海南醫學院，隸屬海南省人民政府主管。1994年獲準授予學士學位。1996年被國家教委確定為本科教學工作合格學校。2000年校本部從海口市龍華路舊校區遷至學院路新校區。2003年被國家教育部確定為聯合培養碩士學位研究生單位。2004年起與北京大學聯合招收碩士研究生。
